Hoewel modafinil over het algemeen goed wordt verdragen, kunnen bijwerkingen optreden, zoals hoofdpijn, duizeligheid, misselijkheid en slapeloosheid. In zeldzame gevallen kunnen ernstigere bijwerkingen optreden, zoals huiduitslag, ademhalingsmoeilijkheden of psychotische symptomen. Het gebruik van modafinil is niet geschikt voor mensen met een voorgeschiedenis van hartziekten, ernstige leverziekten of hoge bloeddruk, en het moet met voorzichtigheid worden gebruikt bij mensen met een geschiedenis van psychische aandoeningen.
