Modafinil wordt voornamelijk voorgeschreven voor de behandeling van slaapgerelateerde aandoeningen zoals narcolepsie, waarbij patiënten overmatige slaperigheid ervaren. Het wordt ook gebruikt om de symptomen van slaapapneu te verlichten, evenals voor mensen die in ploegendienst werken en daardoor moeite hebben om alert te blijven tijdens ongewone werkuren. Het wordt soms off-label voorgeschreven voor andere aandoeningen zoals ADHD of als cognitieve versterker, hoewel dit gebruik controversieel is.
